Tuy nhiên, hiện nay, góp ý cho bản Dự thảo Nghị định về thu phí bảo vệ môi trường đối với các hoạt động làm phát sinh khí thải, quan điểm của các nhà khoa học vẫn còn rất khác nhau. Có ý kiến đề xuất mức thu đối với khí thải giao thông là 300 đồng/lít xăng, 200 đồng/lít dầu và phí cố định cho tất cả các doanh nghiệp phát thải gây ô nhiễm không khí là 1 triệu đồng/doanh nghiệp/năm. Được biết, hiện nay trong cơ cấu giá bán xăng dầu đã có “phí xăng dầu” (500 đồng/lít xăng; 300 đồng/ lít dầu diezen), song mục tiêu sử dụng của loại phí này chưa được quy định rõ ràng. Ban đầu nguồn thu này được gọi là “phí giao thông”. Do đó, các nhà khoa học và quản lý đều cho rằng việc bổ sung quy định về phí xăng dầu không có sự trùng lặp với loại phí bảo vệ môi trường.

Tuy nhiên, theo GS TSKH Phạm Ngọc Đăng, cách thu phí này “đơn giản nhưng không đảm bảo công bằng”. Trong khi vẫn ủng hộ việc thu phí bảo vệ môi trường qua xăng dầu, GS Đăng cho rằng, mức độ phát sinh khí thải do phương tiện chạy dầu lớn hơn chạy xăng nên phí khí thải trên giá dầu cần ấn định cao hơn giá xăng. Các loại dầu hỏa, dầu mazút, dầu mỡ nhờn cũng cần nghiên cứu, để áp dụng mức thu hợp lý. Đối với các cơ sở công nghiệp sử dụng các loại nhiên liệu khác có phát sinh khí thải thì mức phí sẽ được tính toán trên tổng lượng khí độc thải ra môi trường (chủ yếu là bụi, CO, SO2, NOx) chứ cũng không thể “đánh đồng” mức phí 1 triệu đồng. GS Đăng đưa ra bản đề xuất danh mục chất ô nhiễm và phương pháp xác định khối lượng của chúng để thu phí khí thải, theo đó sẽ thu phí khí thải với 3 chất: bụi, SO2 và NO2.

Chia sẻ quan điểm này, TS Vũ Thu Hạnh, Bộ môn Luật Môi trường (ĐH Luật Hà Nội) phân tích thêm, việc thu phí qua xăng dầu tuy dễ thu, dễ nộp, chi phí xã hội thấp nhưng do không kiểm soát được chất lượng phương tiện, máy móc nên rất có thể người thải khí nhiều, kẻ thải khí ít đều bị đánh đồng; cần tìm cách khắc phục bất hợp lý này. Mặt khác, nếu có thu qua xăng dầu thì mức phí cũng nên tính theo phần trăm giá bán để hạn chế những bất cập so với biến động giá nhiên liệu, nguyên liệu. Cụ thể, bà Hạnh đưa ra phương án tính phí đối với nguồn thải tĩnh tương tự như phí nước thải, nghĩa là nộp theo lượng chất thải tính toán được. Nếu nguồn thải này sử dụng nhiên liệu xăng dầu thì sẽ được trừ đi phần đã nộp qua giá xăng dầu. Phí bảo vệ môi trường đối với nguồn thải động sẽ được thu trên giá bán của các loại nguyên, nhiên liệu; lưu ý sử dụng hệ số k hoặc mức phí khác nhau cho các ngành khác nhau, có xét đến chất lượng máy móc, thiết bị, công nghệ.